Dans les années 2010, la France a eu un contentieux pour défaut de transposition de la directive européenne « Habitats-Faune-Flore » 92/43/CEE. L'Europe considérait que le dispositif réglementaire national, seul existant à l'époque, ne présentait pas suffisamment de dispositions garantissant le bon état de conservation des sites Natura 2000.
En réponse à ce contentieux, un système de listes nationales et locales permet de soumettre davantage de projets à l'évaluation des incidences Natura 2000 :
liste nationale- liste du préfet maritime
- liste locale (départementale) n°1
- liste locale (départementale) n°2
Une clause de sauvegarde permet au préfet de soumettre à autorisation toute opération non encadrée par les dispositifs précédents et qui pourraient porter atteinte à un site Natura 2000.
NB : les activités ou travaux prévus par les contrats N2000, ou pratiqués dans les conditions définies par une charte N2000, sont dispensés d’évaluation des incidences.
Le décret précise que l'évaluation doit être proportionnée à la nature et à l'importance des projets.
Elle devient une pièce à part entière du dossier administratif, le délai d'instruction des dossiers ne se trouvera pas allongé par le nouveau dispositif.
La réalisation de l'évaluation des incidences relève de la responsabilité du porteur de projet et elle est à sa charge.