En France, les sites Natura 2000 sont terrestres, maritimes ou mixtes (terrestres et maritimes) (voir figures suivantes).
Chaque pays membre de l'Union Européenne a une obligation de résultat, à savoir : maintenir en bon état de conservation les espèces animales et végétales ainsi que les habitats naturels d'intérêt communautaire, sans obligation de moyens.
La France a choisi un mode d'application basé sur 3 principes :
- Concertation, de l'élaboration du DOCOB en passant par l'animation du site
- Prévention, via le dispositif d'évaluation des incidences
- Contractualisation volontaire via des outils spécifiques au réseau appelés contrats et chartes
L'animation du site est mise en oeuvre d'une manière concertée à travers un organe de gouvernance dénommé Comité de Pilotage présidé par un représentant de la structure animatrice et se réunissant au moins une fois par an.